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贝叶氏谱系分析

贝叶氏谱系分析
分类演化生物学
子分类分子系统发生学
最佳搜索条件贝叶斯推断

贝叶氏谱系分析(Bayesian inference of phylogeny)是根据已知的先验几率推导后验几率的似然函数,进而去预测最可能的系谱树。随着电脑计算速度的演进以及马尔科夫-蒙特卡洛法的演进,贝叶氏谱系分析越来越受重视和应用。贝叶斯推断时常应用于分子系统发生学以及系统分类学

分析软件列表

下表列出最常用的系谱分析软件,有些不只使用贝叶氏谱系分析。

软件 描述 方法 作者 网址
Armadillo Workflow Platform Workflow platform dedicated to phylogenetic and general bioinformatic analysis Inference of phylogenetic trees using Distance, Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Bayesian methods and related workflows E. Lord, M. Leclercq, A. Boc, A.B. Diallo and V. Makarenkov https://web.archive.org/web/20161024081942/http://www.bioinfo.uqam.ca/armadillo/.
Bali-Phy Simultaneous Bayesian inference of alignment and phylogeny Bayesian inference, alignment as well as tree search M.A. Suchard, B. D. Redelings http://www.bali-phy.org页面存档备份,存于互联网档案馆
BATWING Bayesian Analysis of Trees With Internal Node Generation Bayesian inference, demographic history, population splits I. J. Wilson, D. Weale, D.Balding http://www.maths.abdn.ac.uk/˜ijw[永久失效链接]
Bayes Phylogenies Bayesian inference of trees using Markov Chain Monte Carlo methods Bayesian inference, multiple models, mixture model (auto-partitioning) M. Pagel, A. Meade http://www.evolution.rdg.ac.uk/BayesPhy.html页面存档备份,存于互联网档案馆
PhyloBayes / PhyloBayes MPI Bayesian Monte Carlo Markov Chain (MCMC) sampler for phylogenetic reconstruction. Non-parametric methods for modeling among-site variation in nucleotide or amino-acid propensities. N. Lartillot, N. Rodrigue, D. Stubbs, J. Richer https://web.archive.org/web/20181218053945/http://www.phylobayes.org/
BEAST Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees Bayesian inference, relaxed molecular clock, demographic history A. J. Drummond, A. Rambaut & M. A. Suchard http://beast.bio.ed.ac.uk页面存档备份,存于互联网档案馆
BUCKy Bayesian concordance of gene trees Bayesian concordance using modified greedy consensus of unrooted quartets C. Ané, B. Larget, D.A. Baum, S.D. Smith, A. Rokas and B. Larget, S.K. Kotha, C.N. Dewey, C. Ané http://www.stat.wisc.edu/~ane/bucky/页面存档备份,存于互联网档案馆
Geneious (MrBayes plugin) Geneious provides genome and proteome research tools Neighbor-joining, UPGMA, MrBayes plugin, PHYML plugin, RAxML plugin, FastTree plugin, GARLi plugin, PAUP* Plugin A. J. Drummond,M.Suchard,V.Lefort et al. http://www.geneious.com页面存档备份,存于互联网档案馆
TOPALi Phylogenetic inference Phylogenetic model selection, Bayesian analysis and Maximum Likelihood phylogenetic tree estimation, detection of sites under positive selection, and recombination breakpoint location analysis I.Milne, D.Lindner, et al. http://www.topali.org页面存档备份,存于互联网档案馆

应用

贝叶氏谱系分析在分子系统发生学上具有相当广泛的应用,包含:

BEAST以分子时钟分析法(molecular clock analysis)得出的系谱树。圆饼图表示的是利用贝叶氏二元MCMC分析(BBM)所推断的祖源。
  • 系统发生学预测
  • 预测及评估未明祖源
  • 祖征演化
  • 祖源地域推论
  • 分子测年分析
  • 物种多样化和灭绝的动力学模型
  • 传染病扩散模型

外部链接

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